导读
监测 SARS-CoV-2 病毒 Omicron 变体的谱系仍然是一个重要的健康考虑因素。世界卫生组织将 BA.1、BA.1.1 和最新的 BA.2 确定为最常见的亚系。日本Yamasoba 等人最近的一项研究（2022 年）, 是将这三个 Omicron 谱系与最新的 Delta 变体的可传播性进行了比较。它确定 BA.2 具有四个中最高的可传播性。该研究的预印本可在http://bioarxiv.org获得。该研究的一个有趣方面是应用贝叶斯多层次模型来表示谱系生长动态。在这篇文章中，我演示了如何使用 Stata 的bayesmh和bayesstats命令来执行类似的分析。
数据集可在http://github.com上获得。数据来自 GISAID 数据库：https://www.gisaid.org/hcov19-variants/，2022 年 2 月 1 日。
在 2021 年 10 月 1 日至 2022 年 1 月 25 日的 117 天内，收集了 11 个国家的每个谱系病例数的观察结果。
有些国家的数据不完整。特别是对于菲律宾，只有 43 天的数据可用，正如我们稍后将看到的，这会影响分析。
贝叶斯多级多项式模型
为了改进采样，我阻止了一些参数并在后验域内提供初始值。
该模型没有明显的收敛问题，超参数的平均采样效率为 7%，效果不错。
各国的相对有效再生产
根据后验均值估计，BA.1.1 的繁殖率比 BA.1 高约 6%，BA.2 高约 39%，Delta 比 BA.1 低约 30%。这些结果与论文中的发现一致，即 BA.2 的有效繁殖能力是 BA.1 的 1.4 倍。
下面，我展示了按国家/地区划分的相对有效繁殖数的图。绘制的是后验平均值以及 95% 的可信区间。
第一个图将 BA.1.1 与 BA.1 进行比较。
除国家1 奥地利外，所有值均大于 1。同样明显的是，国家6 菲律宾的可信区间很宽，这可能是由于可用的观测天数少得多，只有 43 天，而其他国家则为 110 天或更多。
第二个图将 BA.2 与 BA.1 进行比较。
同样，菲律宾的繁殖数量具有更高的可变性，并且倾向于使全国平均繁殖数量上移。
第三个图将 Delta 与 BA.1 进行了比较。
正如我们所预料的那样，所有的繁殖数都小于 1，菲律宾的繁殖数比其他国家的变异性更高。
敏感性分析
我还为随机斜率拟合了一个具有正常先验的模型。
从总结中可以明显看出，再生数估计没有实质性变化，这表明我们的初始模型对随机斜率的先前规范是稳健的。
正如我们在上面看到的，由于样本较小，菲律宾的再生数估计值具有很大的可变性。在将菲律宾从估计样本中排除后，检查这些估计值的变化是很有趣的。
现在 3 个相对繁殖数的后验估计都接近 1。特别是 BA.2 与 BA.1.1 相比，后验均值从 1.4 下降到 1.3，因此表明在传播性。此外，BA.1.1 和 BA.2 的相对再现的 95% 可信区间现在包括 1。（Nikolay Balov）
参考
Yamasoba, D., I. Kimura, H. Nasser, Y. Morioka, N. Nao, J. Ito, K. Uriu, et al. 2022.Virological characteristics of SARS-CoV-2 BA.2 variant.https://doi.org/10.1101/2022.02.14.480335.
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